两者之间的主要不同点有以下几个：
1、有关于人数限制：个体工商户的从业人数包括经营者本人、请帮手和带学徒等的雇工人员不能超过八人;个人独资企业并没有从业人数限制。巨野公司注册
2、有关于门面和字号名称：从事临时经营、季节性经营、流动经营和没有固定门面的摆摊经营，不可登记为个人独资企业，但是可以登记为个体工商户。巨野公司注册
3、有关于分支机构：个人独资企业还可以设立分支机构，但个体工商户不可以。巨野公司注册
4、关于变更：个人独资企业还可以变更投资人姓名，而个体工商户只有在家庭经营的构成形式下才可以变更经营者姓名，并且一定要家庭成员。
5、有关于经营者：个体工商户的投资者与经营者必须是同一人，而个人独资企业的投资人可以委托或聘用他人管理企业事务。
6、有关于财务制度：个人独资企业务必建立财务制度，以进行会计核算(需要会计);而个体工商户可以依照税务机关的要求建立账簿，如果税务部门不作要求，也可以不进行会计核算(不需要会计)。